Det har öronmärkts 43,5 miljarder kronor för projektet, som ska ge en dubbelspårig järnväg mellan de båda städerna.
Men Härryda kommun, där Landvetter flygplats ligger, har satt sig emot den föreslagna sträckningen av järnvägen.
Nu har landshövdingen Sten Tolgfors, som fick i uppdrag av regeringen att medla i konflikten, hittat en kompromiss.
Sidobana blev nyckeln
Efter ett möte på onsdagen är parterna till slut överens om de stora dragen i satsningen.
– Det är inte ett avtal, men ett inriktningsbeslut att den här järnvägen ska byggas, säger Johan Trouvé, vd för Västsvenska Handelskammaren.
– Det ligger ett förslag som alla parter kan köpa. I augusti kommer man att gå vidare med de sista detaljerna och sedan ha ett avtal klart att lämna till regeringen senast sista augusti.
En del av lösningen blir en sidobana, som knyter ihop Mölnlycke med Landvetter och vidare till Borås.
”Historisk överenskommelse”
Det kommer att innebära ökade kostnader på mellan fyra och sex miljarder kronor. Exakt hur finansieringen ska lösas ska beslutas i augusti.
– Men alla parter har sagt att man ska vara välvilliga och medfinansiera, säger Johan Trouvé.
Han kallar inriktningsbeslutet för en historisk överenskommelse och hyllar Sten Tolgfors som jobbat fram lösningen.
– Det är nog ett av de viktigaste möten som skett i länsresidenset sedan huset byggdes på 1600-talet, säger Johan Trouvé.
– Det kommer att öppna upp hela regionen, så för näringslivet är det här det viktigaste beslutet på väldigt länge.
LÄS MER:Planeringen för tåg till Borås återupptas
LÄS MER:Då kan den nya järnvägen genom Mölndal byggas – nytt beslut är på gång
LÄS MER:Jätteprojektet i Rävekärr: Nya spår och tågdepå för miljardkostnad
LÄS MER:Nu är det fritt fram att bygga nya jättestadsdelen Forsåker